Da am Bodensee-Obersee die Grenzen zwischen den Anrainern nicht eindeutig festgelegt sind, ist es für den See umso wichtiger, dass die Länder und Kantone rund um den See gut zusammenarbeiten. Dabei ist die IGKB, die Internationale Gewässerschutzkommission für den Bodensee, zweifellos der bedeutendste und einflussreichste Schutzpatron des Sees.

Die elementare Aufgabe der 1959 gegründeten Kommission ist es, die Entwicklung des Sees zu dokumentieren und Belastungen festzustellen. Die Grundlage hierfür sind langjährige kontinuierliche Messreihen, die von der IGKB koordiniert werden. Hinzu kommen Sonderforschungsaufgaben und Spezialuntersuchungen, die bei der Lösung neu auftretender Probleme helfen sollen.

Als Ergebnis dieser Arbeiten folgen zum einen die künftigen Schutzmaßnahmen, wobei die IGKB detaillierte Empfehlungen an die Mitgliedsstaaten herausgibt. Zum anderen wird überprüft, wie wirksam die bisher getroffenen Maßnahmen waren.

Die Mitglieder der IGKB sind das Land Baden-Württemberg, der Freistaat Bayern, die Republik Österreich mit dem Bundesland Vorarlberg sowie die Schweizerische Eidgenossenschaft mit den Kantonen Thurgau, St. Gallen und Graubünden (in den Halbkantonen Appenzell, Ausser- und Innerrhoden werden die Gewässerschutzmaßnahmen der IGKB mitgetragen). Außerdem entsendet das Fürstentum Liechtenstein einen Vertreter und die Bundesrepublik Deutschland einen Beobachter in die Kommission.

Die IGKB tagt einmal im Jahr, und zwar im Mai. Dabei wechselt jährlich der Tagungsort und alle zwei Jahre der Vorsitz zwischen den Mitgliedsländern.

Eine wichtige Rolle spielen die etwa 20 Sachverständigen, die aus den Verwaltungen sowie aus Fachinstituten der IGKB-Mitgliedsländer in den sogenannten Sachverständigenkreis entsandt werden. Dieser beauftragt die drei Fachbereiche See, Einzugsgebiet und Schadensabwehr, wobei nach Bedarf weitere Projektgruppen gebildet werden. Schließlich sind noch zwei weitere Arbeitsgruppen in der IGKB tätig, die zum einen für die Öffentlichkeitsarbeit zuständig sind (siehe Artikel nächste Seite über den Seespiegel) und zum anderen das Bodensee-Wasser-Informationssystem (BOWIS) koordinieren.

Eine große Bedeutung kommt dem Fachbereich „See“ zu. Dessen 15 Experten beraten die Kommission in sämtlichen Fragen, die den See direkt betreffen. Dazu zählen neben dem aktuellen Zustand des Sees auch Prognosen über seine zukünftige Entwicklung. Des weiteren sind auch der Zustand der Ufer sowie deren Renaturierung ein wichtiges Thema dieses Gremiums. Während sich der Fachbereich „Einzugsgebiet“ um alle diesbezüglichen Fragen kümmert, erstellen die Experten der Schadensabwehr Alarm- und Einsatzpläne zur Verhinderung möglicher Schäden. Zudem stellen sie sicher, dass im Ernstfall die nötigen Einsatzkräfte, Mittel und Geräte zur Verfügung stehen.